[Hepatitis C virus genotypes circulating in Colombia].

INTRODUCTION: Chronic hepatitis C virus infection is a worldwide public health problem; it has been estimated that over 180 million people are infected with this virus worldwide. Its precise incidence and prevalence (i.e., epidemiology) and the most frequent circulating genotypes in Colombia are unknown. OBJECTIVE: To describe the hepatitis C virus (HCV) genotypes and subtypes in infected Colombian patients. MATERIALS AND METHODS: We recovered the data on 1,538 HCV isolates from 1,527 patients in two Colombian reference laboratories typed by PAGE or qPCR. RESULTS: Patients' mean age was 53 years; 70% of them were 40 to 70 years old, and 52%, females; 57% of all tests were ordered in Bogotá and 80% of cases were from Cundinamarca, Valle and Atlántico departments. Genotype 1 was detected in 88.6% of cases, distributed as follows: 70% subtype 1b, 13.5% subtype 1a and 5.1%, undetermined subtypes. Genotype 2 was found in 5.4% of the patients, genotype 3 in 2% and genotype 4 in 4%. Mixed genotypes were found in 0.8% of the samples. CONCLUSION: Genotype 1 is the most common HCV genotype circulating in Colombia, and subtype 1b the most frequent.

Genotipos circulantes del virus de la hepatitis C en Colombia / Hepatitis C virus genotypes circulating in Colombia

Resumen Introducción: La infección crónica por el virus de la hepatitis C es un problema de salud pública y se estima que hay más de 180 millones de personas infectadas en el mundo. En Colombia no se conoce la epidemiología de la infección ni los genotipos virales más frecuentes. Objetivo. Describir los genotipos y subtipos del virus de la hepatitis C en pacientes colombianos infectados. Materiales y métodos: Se hizo un estudio descriptivo y retrospectivo de pruebas realizadas en dos laboratorios de referencia nacional, entre el 2003 y el 2015, mediante electroforesis en geles de poliacrilamida (Polyacrylamide Gel Electrophoresis, PAGE) o reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (quantitative PCR, qPCR). Resultados. Se estudiaron 1.538 aislamientos del virus de la hepatitis C de 1.527 pacientes con una edad promedio de 53 años, de los cuales 70 % tenía entre 40 y 70 años y 52 % eran mujeres. El 57 % de las pruebas se ordenaron en la ciudad de Bogotá, y el 80 % de los casos provenía de los departamentos de Cundinamarca, Valle y Atlántico. Se encontró el genotipo 1 en 88,6 % de los casos, distribuido así: subtipo 1b, 70 %, subtipo 1a, 13,5 %, y no determinado, 5,1 % de los casos; el genotipo 2 se encontró en el 5,4 % de los casos, el 3, en el 2 %, y el 4, en el 4 %. Se encontraron genotipos mixtos en 0,8 % de la muestra. Conclusión: El genotipo 1 del virus de la hepatitis C es el que circula con mayor frecuencia en el país, con predominio del subtipo 1b.

Abstract Introduction: Chronic hepatitis C virus infection is a worldwide public health problem; it has been estimated that over 180 million people are infected with this virus worldwide. Its precise incidence and prevalence (i.e., epidemiology) and the most frequent circulating genotypes in Colombia are unknown. Objective: To describe the hepatitis C virus (HCV) genotypes and subtypes in infected Colombian patients. Materials and methods: We recovered the data on 1,538 HCV isolates from 1,527 patients in two Colombian reference laboratories typed by PAGE or qPCR. Results: Patients' mean age was 53 years; 70% of them were 40 to 70 years old, and 52%, females; 57% of all tests were ordered in Bogotá and 80% of cases were from Cundinamarca, Valle and Atlántico departments. Genotype 1 was detected in 88.6% of cases, distributed as follows: 70% subtype 1b, 13.5% subtype 1a and 5.1%, undetermined subtypes. Genotype 2 was found in 5.4% of the patients, genotype 3 in 2% and genotype 4 in 4%. Mixed genotypes were found in 0.8% of the samples. Conclusion: Genotype 1 is the most common HCV genotype circulating in Colombia, and subtype 1b the most frequent.

MSM in Bogotá are living with HIV for extended periods without diagnosis or treatment.

We examined recency of infection in serum samples obtained from 69 newly identified HIV-positive cases in a sample of 1000 men who have sex with men (MSM) in Bogotá. HIV antibody avidity assays were performed using the Architect HIV Ag/AB combo. Avidity indices ranged from 0.62 to 1.22, with a cut-off score below 0.80 indicative of recent infection. Two samples were classified as recent, six fell within the gray zone (0.75 to 0.85), and the remaining 61 were considered established infections. Results provided evidence of widespread, long-term, undiagnosed HIV infection, as well as an estimate of one-year incidence at .25 in the population of MSM in Bogotá. This incidence rate is approximately 8.5 times the rate estimated for the general adult population in Colombia. The large proportion of newly diagnosed cases found among individuals with established infections indicates that many MSM in Bogotá are living with HIV for extended periods without being diagnosed and treated. Greater efforts to detect and treat undiagnosed infections are crucial to decrease HIV incidence and increase maximum effectiveness of medical intervention. Given the over-representation of MSM and transgender women in the HIV epidemic in Colombia, such efforts should specifically target this population.

Evaluation of the acute toxicity of dolabelladienotriol, a potential antiviral from the brown alga Dictyota pfaffii, in BALB/c mice

Dolabelladienotriol is a product extracted from the brown marine alga Dictyota pfaffii from Brazil that has been shown to have antiviral activity and low cytotoxicity. Our studies have evaluated the acute toxicity of dolabelladienotriol in BALB/c mice for ten days after administration of a single dose. Among the parameters considered were behavior, weight, biochemical and histological analyses of blood samples taken at three different times (Bs.0, Bs.1 and Bs.2) and optical microscopic examination of organs like liver, kidney, stomach and small intestine. Mice deaths were not observed at any dose during the ten day period. There were some changes in the biochemical analysis results for urea nitrogen (BUN) and alanine aminotransferase (ALT), but the changes were not significantly different from the reference levels of the animals before administration of the substance. Histological analyses of tissues were very similar for all animals. The alterations in liver and kidney tissues did not affect the animals´ behavior at any concentration, not even at 50 mg/kg, where the most significant changes in tissues were seen. This study indicates that dolabelladienotriol has low toxicity in administered dose range.

Resistencia a los medicamentos antirretrovirales en pacientes que reciben tratamiento para VIH-sida en Colombia / Resistance to antiretrovirals in patients receiving HIV-AIDS therapy in Colombia

Objetivo. Caracterizar el fenómeno de la resistencia a los diferentes medicamentos antirretrovirales en pacientes en quienes se practicó el estudio de genotipificación en Colombia, durante el período 2000-2007. Diseño. Descriptivo, retrospectivo y basado en el laboratorio. Métodos. Entre los años 2000 y 2007, se obtuvo la secuencia de los genes de la proteasa y transcriptasa inversa del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) de 650 pacientes presuntamente en tratamiento antirretroviral, procedentes de diferentes regiones de Colombia. Las secuencias se procesaron con el programa Geno2pheno resistance, el cual infiere la resistencia a partir de la secuencia. Resultados. El 82,1% de las cepas virales fue resistente a uno o más medicamentos. La frecuencia de resistencia fue mayor para la lamivudina (55,4%), la nevirapina (54,3%) y el efavirenz (52,6%), y más baja para la estavudina (11,0%). El 45,1% fue resistente a la zidovudina. La resistencia a los inhibidores de proteasa osciló entre 30% y 38%. Se observó que la frecuencia de resistencia va en aumento para los inhibidores de la transcriptasa inversa, pero no para los inhibidores de proteasa. Conclusiones. La frecuencia de resistencia fue mayor en los antirretrovirales con una baja barrera genética y en aquéllos cuyo uso se ha incrementado en los últimos años.

Objective. To characterize the resistance to anti-retroviral drugs in patients subject of genotypic sensitivity testing in Colombia during 2000-2007. Design. Descriptive, retrospective, laboratory based. Methods. Between the years 2000 and 2007 the sequences of the HIV protease and transcriptase genes were obtained from 650 patients presumably under antiretroviral treatment throughout the country. The sequences were processed with the program "geno2pheno resistance", which infers the resistance by using the sequences. The results were statistically analyzed. Results. 82.1% of the viral strains were resistant to one or more drugs. The frequency of resistance was higher for lamivudine (55.4%), nevirapine (54.3%), and efavirenz (52.6%), and lower for stavudine (11.0%). 45.1% were resistant to zidovudine. Resistance to protease inhibitors varied between 30% and 38%. We observed that the frequency of resistance is rising for the reverse transcriptase inhibitors but not for the protease inhibitors. Conclusions. The frequency of resistance was higher for the antiretroviral drugs with a lower genetic barrier and for those which use has increased during these last years.

[Correlation and concordance of three HIV viral load techniques available in Colombia]. / Correlación y concordancia de tres técnicas de cuantificación de carga viral del VIH disponibles en Colombia.

OBJECTIVE: To compare the performance of three available technologies for Human Immunodeficiency Virus quantitation in Colombia. METHODS: Samples from different areas of the Country were selected by convenience and underwent Human Immunodeficiency Virus quantitation using three methods: Versant bDNA 3.0 (Bayer), LCx HIV (Abbott) and Amplicor Monitor v1.5 (Roche). All samples were processed at the Centro de Análisis Molecular in Bogotá, Colombia. Results obtained with the three techniques were compared using linear regression. Additionally, the concordance between techniques was assessed calculating the unweighted kappa, the frequency of discordance according to cut-off points of clinical importance, and the frequency of differences exceeding 0.5 logs. RESULTS: The correlation between techniques was highly significant, with an R2 higher than 0.97. The concordance was substantial, with unweighted kappas above 0.7. Nevertheless, the frequency of discordance for cut-off points of clinical importance and the frequency of differences exceeding 0.5 logs were considerable (8.8%-15.6% and 19.6%-36.3% respectively). CONCLUSION: The three technologies for quantitation of viral load are adequate with high levels of correlation and concordance. However, because of the observed variability we recommend comparing a reading from one technique with another reading from the same technique when incorporating the results into clinical decision making.

Correlación y concordancia de tres técnicas de cuantificación de carga viral del VIH disponibles en Colombia / Correlation and concordance of three HIV viral load techniques available in Colombia

Introducción. La cuantificación del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) es una herramienta útil para el manejo de los pacientes infectados. Diferentes técnicas se encuentran disponibles en Colombia para ese propósito. Objetivo. Comparar los resultados de carga viral obtenidos mediante el uso de tres técnicas de cuantificación del VIH disponibles en Colombia. Materiales y métodos. Muestras seleccionadas por conveniencia y provenientes de diferentes áreas del país se sometieron a cuantificación del VIH por tres métodos: Versant bDNA 3.0 ® (Bayer), LCx HIV ® (Abbott) y Amplicor Monitor HIV v1.5 ® (Roche). Todas las muestras se procesaron en el Centro de Análisis Molecular en Bogotá, Colombia. Los resultados obtenidos con las tres técnicas fueron comparados entre sí mediante regresión lineal. Adicionalmente se determinó la concordancia entre las técnicas calculando el kappa no ponderado, la frecuencia de discordancia según puntos de corte clínicamente relevantes y la frecuencia de diferencias superiores a 0,5 logaritmos. Resultados. La correlación entre técnicas fue altamente significativa, con un R2 superior a 0,97. La concordancia también fue sustancial, con kappas no ponderados superiores a 0,7. Sin embargo, las frecuencias de discordancias para puntos de corte clínicamente relevantes y de diferencias superiores a 0,5 logaritmos fueron considerables (8,8 por ciento a 15,6 por ciento y 19,6 por ciento a 36,3 por ciento, respectivamente). Conclusión. Las tres técnicas para cuantificación de carga viral son adecuadas y muestran un alto nivel de correlación y concordancia. Sin embargo, la variabilidad observada hace necesario comparar la lectura de una técnica con otra lectura realizada por la misma técnica cuando se incorporen dichos resultados en la toma de decisiones clínicas.

Environmental exposure of commuters in Mexico City to volatile organic compounds as assessed by blood concentrations, 1998.

OBJECTIVE: To assess the extent of exposure for Volatile Organic Compounds (VOCs) among nonoccupationally exposed commuters in Mexico City. MATERIAL AND METHODS: Blood concentrations of benzene, toluene, ethylbenzene, m-/p-xylene, o-xylene and methyl tert-butyl ether were determined on samples collected from participants after the morning commute. RESULTS: Median blood concentrations of benzene (0.11 microg/l), ethylbenzene (0.081 microg/l), m-/p-xylene (0.32 microg/l) and toluene (0.56 microg/l) in the Mexico City participants were all approximately two times higher than in a nonsmoking subset of the Third National Health and Nutrition Examination Survey population of the United States. On the other hand, median VOC blood levels were similar to medians observed in other studies involving commuters in specific U.S. cities, despite the fact that only half the Mexico City study participants commuted by personal vehicles compared with all U.S. commuters. CONCLUSIONS: These results reflect the extent of the air pollution problem in Mexico City. The surrounding topography exacerbates the problems caused by heavy vehicular traffic, poor emission-control devices on older vehicles, and poor maintenance practices. Elevated levels of gasoline components in the blood of nonoccupationally exposed commuters emphasize the need for regulatory initiatives and mass-transit options to reduce hydrocarbon emissions and thus reduce the risk for nonoccupational exposure for the residents of Mexico City.

Environmental exposure of commuters in Mexico City to volatile organic compounds as assessed by blood concentrations, 1998

OBJETIVO: Evaluar la exposición a compuestos orgánicos volátiles en usuarios de transporte no expuestos ocupacionalmente en la Ciudad de México. MATERIAL Y MÉTODOS: Se determinaron las concentraciones sanguíneas de benceno, tolueno, etilbenceno, m/p-xileno, o-xileno y metil-terbutil éter en muestras obtenidas de participantes después del traslado matutino. RESULTADOS: Las concentraciones promedio de benceno en sangre (0.11µg/l), etilbenceno (0.081µg/l), m-/p-xileno (0.32µg/l) y tolueno (0.56µg/l) en los participantes de la Ciudad de México son aproximadamente dos veces más elevadas que en la submuestra de no fumadores de la Tercera Encuesta de Nutrición y Salud (Third National Health and Nutrition Examination Survey) en la población de Estados Unidos de América. Por otro lado, la mediana de los niveles de Compuestos Orgánicos Volátiles fueron similares a las medianas observadas en otros estudios de viajeros en ciudades de los Estados Unidos de América, no obstante el hecho de que sólo la mitad de los participantes de la Ciudad de México viajan en vehículos de uso personal, en comparación con los viajeros de los Estados Unidos de América. CONCLUSIONES: Estos resultados reflejan el problema de la contaminación ambiental en la Ciudad de México, donde la topografía que la rodea incrementa los problemas causados por el tráfico vehicular intenso, el bajo control de emisiones en los vehículos viejos y las pobres prácticas de mantenimiento. Los niveles altos de componentes de gasolina en la sangre de los viajeros no expuestos ocupacionalmente enfatizan la necesidad de iniciativas regulatorias y alternativas para disminuir el tráfico que reduzcan las emisiones de hidrocarburos y, en consecuencia, el riesgo de exposición no ocupacional para los residentes de la Ciudad de México.

Anti M. leprae IgM antibody determination by ultramicroimmunoenzimatic (UMELISA HANSEN) for the diagnosis and monitoring leprosy

Se analizo la relacion entre la carga antigenica y la respuesta de anticuerpos IgM, el comportamiento de dicha respuesta y la utilidad de su deteccion para el diagnostico y seguimento de la lepra. Se obtuvo un 82 por cento de coincidencia entre los resultados del UMELISA HANSEN y los de la baciloscopia. Este valor se vio afectado fundamentalmente por 16 pacientes con respuesta positiva a IgM y baciloscopia negativa. En estos pacientes de acuerdo a lo reportado, la respuesta IgM puede indicar la reaparicion de bacilos, precediendo a su deteccion en la piel. En uno de estos pacientes se demonstro la presencia de bacilos, dos meses despues de resultar positivo por el UNELISA HANSEN. Entre los pacientes coincidentes en IgM baciloscopia positivas con tratamiento quimioterapeutico...

Evaluación del paciente seropositivo para el virus de la hapatitis C

La hepatitis viral por virus C (HVC) constituye un serio problema de salud en el mundo dada su frecuente tendencia a la cronicidad (80 por ciento) con prevalencia serológicas de 0,5 a 5 por ciento. Con el fin de establecer la trascendencia de un resultado serológico positivo se estudia dos grupos de pacientes: Grupo 1 corresponde a seis pacientes adultos asintomáticos detectados en un estudio de prevalencia en donantes (0,56 en una muestra de 5.000 individuos) mediante la utilización de una prueba de ELISA II disponible comercialmente. Grupo 2 constituido por seis pacientes con diagnósticos establecido de hepatitis crónica con serología reactiva para HCV mediante la misma técnica de ELISA II y con aminotransferasas elevadas por más de seis meses. Todos los pacientes fueron sometidos a estudio que incluyó biopsia hepática guiada por laparoscopia, pruebas confirmatorias para HCV (RIBA III y bDNA Quantiplex, Chiron Corporation, Emeryville, CA), seguimiento clínico y enzimático mensual por un período de un año. Resultados: Grupo 1: Los 6 pacientes permanecieron sin alteraciones de las aminotransferasas y estuvieron asintomáticos durante el período de seguimiento. Cinco no tenía factores de riesgo conocidos para infección por virus hepatitis c (VHC), y fueron negativos a las pruebas confirmatorias además de presentar estudio histológico hepático normal...

Serotipificación para el virus de la hepatitis C en pacientes con diagnóstico de hepatitis C crónica

El análisis del genoma viral mediante técnicas de biología molecular es el método específico para la identificación de los diferentes genotipos del virus de la hepatitis C (VHC). Sin embargo, estos métodos son complicados de realizar y no son de fácil disponibilidad para los laboratorios diagnósticos. Se ha desarrollado un sistema reproductible de RIBA (recombinat inmunoblot assay) de fácil utilización en cualquier laboratorio diagnóstico y que puede determinar los serotipos 1, 2 y 3 del VHC (Chiron Corporation, Emeryville, California). Aún no esta disponible comercialmente y solamente, se está utilizando para investigación. Esta técnica tiene una correlación del 99 porvciento con los métodos convencionales de determinación de genotipos mediante biología molecular. Con el fin de identificar los distintos serotipos del VHC en nuestro medio, se estudiaron los sueros de 33 pacientes con diagnóstico de hepatitis C crónica documentada por serología reactiva para ELISA II y RIBA III, por cuantificación de viremia mediante técnica de bDNA (Quantiplex, Chiron Corporation), y por biopsia hepática. Se encontraron 29 pacientes (88 porvciento) con serotipo 1, dos pacientes (6 porvciento) con serotipo 2, ninguno con serotipo 3 y dos pacientes no tipificables (6 porciento) que pueden pertenecer a los genotipos 4,5 ó 6 de Simmonds. Se ha establecido que el genotipo es uno de los factores primordiales para la predección de respuesta al interferón alfa en hepatitis crónica C (genotipo 1 tiene menor respuesta que otros genotipos). Si el serotipo es útil como respuesta a este tratamiento, aún está por establecerse. Los pacientes incluidos en este estudio están aún en tratamiento o no han comenzado el mismo a la fecha de este informe. En conclusión: 1. El serotipo predominante es el tipo 1 en pacientes con infección por VHC en nuestro medio. 2. La serotipificación es un método diagnóstico que podrá ser de fácil utilización en un laboratorio diagnóstico, a diferencia de la determinación de genotipos mediante biología molecular. 3. La serotipificación podría ser un sistema útil de predección de respuesta e interferón, pero aún está por confirmarse este hecho